El Monasterio de la Encarnación fue fundado por Margarita de Austria, esposa de Felipe III, tras una promesa si se expulsaba de la península ibérica a los moriscos. Se puso la primera piedra del monasterio en 1611 justo donde se levantaría el altar mayor y se inauguró en 1616. Las monjas recoletas de la orden de San Agustín, llamadas Margaritas por su fundadora, llegan de Valladolid a ocupar el edificio ya consagrado por el arzobispo de Braga.
Se atribuye el proyecto a Juan Gómez de la Mora o a fray Alberto de la Madre de Dios o a Francisco de Mora, tío de Juan. La fachada es de granito con tres arcos de medio punto, siendo el central de mayor tamaño. En la primera planta de la fachada un relieve en mármol de la Anunciación atribuido a Miguel Ángel Leoni y flanqueado por dos ventanas. En la planta superior un balcón central con un escudo a cada lado. El conjunto, bordeado por dos pilastras que acaban en un frontispicio triangular con una cruz en el vértice y dos bolas, también de granito, sobre pedestales en los extremos.
La iglesia es de nave única con crucero y cúpula. Al ser la fachada retranqueada queda un atrio cerrado con una verja. En el siglo XVIII a causa de un incendio fue reformado por Ventura Rodríguez y a finales del siglo XIX se terminó la fachada del convento que da a la Calle de San Quintín. El edificio está unido subterráneamente por un pasadizo con el Palacio Real. El altar mayor de mármoles y bronces consta de 4 columnas corintias y una Anunciación de Carducho y las estatuas laterales de San Agustín y Santa Mónica, tallas de Gregorio Fernández. Los dos altares laterales del crucero están dedicados uno a San Felipe y otro a Santa Margarita en lienzos también de Carducho.
A través del tiempo fue decorado con obras de Bartolomé Román, Bayeu, Gregorio Ferro y Ginés Aguirre. En 1965 fue abierto al público el museo del Convento y en él se pueden observar obras de Lucas Jordán, Vicente Carducho, Juan Carreño, José Ribera, Antonio Palomino, Pedro de Mena, Gregorio Fernández y Salcillo, entre otros, y no hay que olvidar el famoso recipiente con la sangre de San Pantaleón que se licúa cada 27 de julio,…“si no ha sido año de desgracias”. Malos tiempos corren para que se obre el fenómeno.
Fuentes: "Madrid Villa y Corte" de Pedro Montoliú Camps, "Urbanity", "Postales Antiguas de Madrid" de Ediciones La Librería, "Ayuntamiento de Madrid", "Archivo Histórico Regional", "Viejo Madrid", "Sociedad Española de Librería", "Museo Municipal de Madrid".